Лепка во: заказать недорого организацию выездного МК

9 Модель искусственного интеллекта для прогнозирования загрязнения мембран при очистке сточных вод с помощью мембранной технологии 301
Хак-Уан До и Феликс Шмитт

9.1 Введение 302

9.1.1 Мембранная фильтрация при очистке сточных вод 302

9.1.2 Мембранное загрязнение в мембранных биореакторах и его контроль 302

9.1.3 Модели для контроля мембранного загрязнения 304

9.1.4 Цели исследования 305

9.2 Материалы и методы 305

9.2.1 Система AO-MBR 305

9.2.2 Моделирование ИИ в этом исследовании 305

9.2.3 Методы анализа 307

9.3 Результаты и обсуждение 308

9.3.1 Прогнозирование загрязнения мембраны на основе модели AI 308

9.3.2 Обсуждение использования модели AI для прогнозирования загрязнения мембраны 316

9.4 Заключение 320

Благодарности 321

Ссылки 321

10 Мембранные технологии: модели опреснения и применение Процесс 327
Любна Музамил Рехман, Анупам Мукхерджи, Жипинг Лай и Анирбан Рой

10.1 Введение 328

10.2 Историческая справка 331

10.3 Теоретические основы и модели переноса 335

10.3.1 Классическая модель диффузии раствора 336

10.3.2 Расширенная модель диффузии раствора 339

10.3.3 Модифицированная модель диффузии-конвекции раствора 341

10.3.4 Модель порового потока ( PFM) 342

10.3.5 Модели переноса электролита и электрокинетики 344

10.3.6 Модель Кедема – Качальского — модель необратимой термодинамики 346

10.3.7 Модель Шпиглера – Кедема 346

10.3.8 Модели мембран со смешанной матрицей 347

10.3.9 Транспортировочные модели с тонкопленочной композитной мембраной 348

10.3.10 Мембранная дистилляция 349

10.4 Ограничения современной мембранной технологии 351

10.4.1 Поляризация внешней концентрации 351 10.4000.2

Поляризация внутренней концентрации 352

10.4.3 Поляризация внешней концентрации из-за биообрастания мембраны 354

10.5 Последние достижения мембранных технологий в RO, FO и PRO 355

10.5.1 Гибриды 358

10.5.2 Другие технологии мембранного опреснения 359

10.5.2.1 Мембранная дистилляция 359

10.5.2.2 Обратный электродиализ (RED) 360

10.6 Технико-экономический анализ 360

10.7 Заключение 362

Греческие символы 365

Суффикс 366

Ссылки 366

Индекс 375

Междисциплинарный центр количественного моделирования в биологии |

Семинар по разнообразию предприятий малого и среднего бизнеса 2021

Мы с энтузиазмом объявляем о виртуальном семинаре по разнообразию, справедливости и вовлеченности, который состоится 26 марта 2021 года.

Целью нашего семинара является сотрудничество в создании доброжелательной и инклюзивной среды в рамках Общества математической биологии (SMB) и научного сообщества в более широком смысле.

Мы признаем, что структурные барьеры ограничивают и продолжают ограничивать голоса в нашей сфере на основании расы, гендерной идентичности или выражения, статуса инвалидности, сексуальной ориентации и иммиграционного статуса среди прочего. Эти барьеры маргинализируют людей на всех этапах образования и карьеры.

Мы приглашаем наше сообщество присоединиться к нам, поскольку мы участвуем в критическом осмыслении наших практик, чтобы культивировать культуру, в которой все голоса слышны, ценятся и подтверждаются. Вместе, делясь историями и определяя конкретные действия, мы можем освободить место для всех.

Дополнительную информацию можно найти здесь: https://icqmb.ucr.edu/smb-diversity-workshop-2021

Обучение малому и среднему бизнесу и семинар REU 2021

Этот семинар состоится 1 и 2 апреля в рамках подготовки к Ежегодному собранию Общества математической биологии 2021 года (SMB2021), которое состоится 13-17 июня 2021 года: https: // www.smb2021.org Это двухдневный семинар, первый день посвящен образованию, а второй — опыту исследований для студентов (REU).

Заявление о миссии и видении образовательного семинара

Этот полудневный семинар будет ориентирован на биологов-математиков на всех уровнях с упором на связи между образованием, разнообразием и исследованиями. Цель этого семинара — собрать вместе исследователей и преподавателей для обмена опытом и идеями об образовании в нынешних быстро меняющихся условиях математической биологии.Мы рассмотрим доказательства, касающиеся гипотез, относящиеся к разным уровням образования и в разных группах, чтобы найти общие черты, характеристики успеха и определить пути вперед.

Заявление о миссии и видении семинара REU

Этот семинар направлен на привлечение преподавателей, студентов и старшеклассников, которые заинтересованы в получении дополнительных сведений о программах REU. У нас будут докладчики и интерактивные панельные обсуждения вопросов и ответов (Q&A), чтобы помочь предоставить справочную информацию о REU, как студенты могут узнать о программах и подготовить заявки.Мы также предоставим форум для общих обсуждений и ответов на любые вопросы. Мы надеемся, что этот семинар будет полезен для дальнейшего вовлечения сообщества, предоставив возможности узнать больше о том, как участвовать, а также организовывать REU в области прикладной математики и биологических наук. Мы с нетерпением ждем, когда вы присоединитесь к нам на этом мероприятии.

Дополнительную информацию можно найти здесь: https://icqmb.ucr.edu/smb-education-reu-workshop-2021

Выдающаяся лекция по математической биологии Междисциплинарный центр количественного моделирования в биологии УЦР Коллоквиум по математике:
Системный биологический подход к пониманию иммунобиологии туберкулезной инфекции и лечения

Дениз Киршнер, доктор философии, содиректор, Центр системной биологии, микробиологии и иммунологии, Медицинская школа Мичиганского университета

Резюме: Туберкулез (ТБ) — одно из самых смертоносных инфекционных заболеваний в мире.Вызываемый возбудителем Mycobacterium tuberculosis (Mtb), стандартный режим лечения туберкулеза состоит из лечения несколькими антибиотиками в течение не менее шести месяцев. Существует ряд осложняющих факторов, которые способствуют необходимости такого длительного лечения и повышают риск неудачи лечения. Структура гранулем, поражений, образующихся в легких в ответ на инфекцию Mtb, создает неоднородное распределение антибиотиков, которое ограничивает воздействие антибиотиков на Mtb. Мы можем использовать подход системной биологии, объединяющий экспериментальные данные от нечеловеческих приматов с компьютерным моделированием, чтобы представить и предсказать, как факторы влияют на эффективность режима антибиотиков и бактериальную стерилизацию гранулемы.Мы используем основанную на агентах вычислительную модель, которая имитирует формирование, функционирование и лечение гранулемы, под названием GranSim. Цель улучшения лечения туберкулезом антибиотиками — найти схемы, которые могут сократить время, необходимое для стерилизации гранулем, при минимальном количестве необходимого антибиотика. Учитывая количество возможных комбинаций антибиотиков и дозировок, исчерпывающий поиск всех комбинаций для достижения этих целей обходится непомерно дорого. Мы представляем основу для поиска оптимальных схем с использованием GranSim.В целом, мы представляем вычислительный инструмент для оценки эффективности режима антибиотиков с учетом факторов, осложняющих лечение ТБ, чтобы укрепить нашу способность прогнозировать новые режимы, которые могут улучшить клиническое лечение ТБ.

Биография: Доктор Киршнер получила степень бакалавра, магистра и доктора прикладной математики в Тулейнском университете. Она также закончила аспирантуру в Национальных лабораториях Лос-Аламоса и стажировалась в докторантуре Университета Вандербильта совместно с кафедрами математики и инфекционных болезней.За последние 25 лет доктор Киршнер сосредоточился на вопросах, связанных с моделями взаимодействий хозяин-патоген при инфекционных заболеваниях. Ее основное внимание было сосредоточено на создании моделей стойких инфекций (например, Helicobacter pylori, Mycobacterium tuberculosis и ВИЧ-1). Ее цель — понять сложную динамику, связанную с этим, а также то, как нарушения этого взаимодействия (посредством лечения химиотерапией или иммунотерапией) могут привести к длительному или постоянному здоровью. В течение последних 20 лет ее исследования были сосредоточены на построении многомасштабных моделей для описания иммунного ответа хозяина на M.tuberculosis во многих пространственных и временных масштабах и во многих физиологических компартментах, включая легкие, лимфатические узлы и кровь. На сегодняшний день она работает и сотрудничает с экспериментаторами, генерирующими данные о туберкулезе с помощью исследований на мышах, приматах и ​​людях. У Дениз более 150 публикаций в ведущих журналах, описывающих эту работу, которые охватывают темы от методологических до биологических достижений. Д-р Киршнер в настоящее время (и в течение последних 17 лет) является главным редактором журнала теоретической биологии.Она является со-директором-основателем Центра системной биологии при Мичиганском университете, междисциплинарного центра при Мичиганском университете, цель которого — способствовать исследованиям и обучению ученых-теоретиков и ученых-теоретиков. В 2016 году она была избрана избранным президентом Общества математической биологии и занимала пост его президента с 2017-2020 годов. Страсть Дениз к наставничеству студентов, докторантов и младших преподавателей была основным направлением ее карьеры, и ее основная миссия — продвигать математику и семейные ценности в научном сообществе.

Zoom Meeting:
https://ucr.zoom.us/j/99179266453?pwd=MzJBVnJvWTVYSjh2WFZFYWJ4T3JPdz09
ID собрания: 991 7926 6453, код доступа: 396836

10-й ежегодный симпозиум по системной биологии в Южной Калифорнии

Уважаемые коллеги,

Присоединяйтесь к нам на 10-м ежегодном симпозиуме по системной биологии в Южной Калифорнии! Этот симпозиум спонсируется Центром количественного моделирования в биологии UCR.

Ежегодный симпозиум, который проводится уже 10 лет, собирает исследователей со всей Южной Калифорнии — от Санта-Барбары до Сан-Диего — для обмена результатами исследований, создания сообщества и стимулирования сотрудничества.Симпозиум будет проводиться виртуально с помощью масштабирования и стендовой сессии на платформе Gather Town в пятницу, 5 марта, и будет включать тематические сессии переговоров и стендовую сессию.

Отобранные тезисы постеров будут представлены в формате молниеносной беседы перед сессией виртуальных постеров.

Зарегистрируйтесь сегодня — это бесплатно!

https://www.cityofhope.org/2021-systems-biology-symposium

Новый консорциум Multicampus для изучения сборки коронавирусов

Калифорнийский университет в Риверсайде получил в 2021 году награду UC Multicampus Research Programs and Initiatives (MRPI), которая позволяет университетскому городку создать Консорциум исследований по исследованию коронавируса Калифорнийского университета.

«Этот консорциум будет стремиться понять физические принципы, лежащие в основе образования коронавирусов», — сказала Роя Занди, профессор физики и астрономии в Калифорнийском университете в Риверсайде и главный исследователь четырехлетнего проекта, получившего финансирование в размере более 1,75 миллиона долларов. «Мы также изучим влияние некоторых лекарств на процесс сборки».

UCR присоединятся UC Merced и UC Davis в консорциуме. Три кампуса будут работать вместе, чтобы понять факторы, способствующие формированию SARS-COV-2.

Прочитать статью> Новости UCR

Исследование Калифорнийского университета в Риверсайде, посвященное тому, как ВИЧ мутирует, чтобы выйти из иммунной системы

Группа ученых под руководством ученого из Калифорнийского университета в Риверсайде разработала метод изучения того, как ВИЧ мутирует, чтобы ускользнуть от иммунной системы у нескольких человек, что может послужить основой для разработки вакцины против ВИЧ.

ВИЧ, который может привести к СПИДу, быстро развивается и атакует иммунную систему организма. Генетические мутации вируса могут помешать его устранению иммунной системой.Хотя в настоящее время нет эффективного лекарства от вируса, его можно контролировать с помощью лекарств.

«Понимание генетических факторов болезней важно в биомедицинских науках», — сказал Джон П. Бартон, доцент кафедры физики и астрономии UCR, который руководил исследованием вместе с Мэтью Р. Маккеем, профессором электроники и компьютеров. инженерия, химическая и биологическая инженерия в Гонконгском университете науки и технологий.

Прочитать статью> Новости UCR

показывает, как клетки контролируют то, что они производят после еды

Новое исследование показывает, как бактерии контролируют химические вещества, образующиеся при употреблении пищи.Это открытие может привести к появлению организмов, которые более эффективно превращают растения в биотопливо. Исследование, проведенное учеными Калифорнийского университета в Риверсайде и Тихоокеанской северо-западной национальной лаборатории, было опубликовано в журнале Journal of the Royal Society Interface.

Прочитать статью> Новости UCR

LGBTQ + День математики

Институт математических наук имени Филдса проводит первый (но не последний) День математики ЛГБТК +. Это виртуальное мероприятие предназначено для математиков и студентов из числа ЛГБТК +, изучающих математические науки, и их союзников.Математики ЛГБТК + проведут четыре получасовых доклада, после чего состоится панельная дискуссия. Спикеры представят свои математические исследования, а также свое путешествие по академической карьере в качестве члена сообщества ЛГБТК +.

Регистрация бесплатна, мероприятие состоится в среду, 18 ноября, с 10:00 до 13:45. ТИХООКЕАНСКОЕ СТАНДАРТНОЕ ВРЕМЯ. Обратите внимание, что время, указанное в онлайн-расписании, находится в восточном часовом поясе.

Информационный комитет Тихоокеанского математического альянса (PMA): Марио Бануэлос, Кармен Капрау, Джон Рок, Кристина Раннеллс, Эдуард Чертчян, Хан Тран

Предложение специальной сессии под названием «Совместное экспериментальное и многомасштабное моделирование микробиома окружающей среды» для ежегодного собрания AAAS 2021 года

8-11 февраля 2021 г .: https: // встречи.aaas.org/ Предложение только что было принято Программным комитетом.

Тема ежегодного собрания AAAS в 2021 году сосредоточена на понимании сложности и динамики различных экосистем с учетом множества точек зрения.

Специальная сессия была предложена Марком Альбером, заслуженным профессором кафедры математики Центра количественного моделирования в биологии Калифорнийского университета, Риверсайд

Джоэл Сакс, профессор кафедры эволюции, экологии и биологии организмов, Калифорнийский университет, Риверсайд

Уильям Кэннон, специалист по вычислительной математике, Тихоокеанская северо-западная национальная лаборатория; Адъюнкт-профессор факультета математики Калифорнийского университета, Риверсайд

и номинирован отделом математики (начальный) и отделом биологии (средний).Здесь вы можете найти файл с описанием сессии и тезисами докладов. Точная дата и время специальной сессии будут сообщены позже.

Виртуальные публичные лекции: Паттерны Тьюринга на машинах Тьюринга — Видео

27 августа ^-е было началом наших виртуальных публичных лекций. Большое спасибо за то, что вы были частью нашего самого первого виртуального мероприятия.

Если вчера у вас не было возможности присоединиться к сеансу в прямом эфире или вы хотите снова посмотреть лекцию, перейдите по ссылке ниже:

https: // видео.leidenuniv.nl/media/1_gqixuilc

Ежегодное совещание по вычислительной нейробиологии (CNS * 2020)

В этом году Ежегодная конференция по вычислительной нейробиологии (CNS’2020) будет проводиться онлайн 18-22 июля и будет БЕСПЛАТНОЙ (обычно ~ 500 долларов за регистрацию). В рамках встречи мы организуем учебное пособие и 2 семинара по многомасштабному моделированию мозга, инструментам и ресурсам машинного обучения, включая несколько проектов, финансируемых NIH. Мероприятия организованы SUNY, Йельским университетом, UCL и Институтом мозга Аллена.У нас более 20 спикеров, все лидеры в своих областях и представляющие широкий спектр инструментов / ресурсов для моделирования.

Для регистрации перейдите по ссылкам выше или перейдите непосредственно на http://cnsorg.org/cns-2020

При поддержке Междисциплинарного центра количественного моделирования в биологии UCR Math и Центра Лоренца в Лейдене, Нидерланды, доктор Марк Альбер является соорганизатором Летней школы «Моделирование формы и размера в биологическом развитии»

Студентам предлагается участвовать в онлайн-мероприятиях, включая прослушивание обзорных выступлений и работу над вводными проектами.Кульминацией этих мероприятий станет интенсивная программа обучения и обмена с 24 по 28 августа 2020 года.

Последующая специальная сессия будет проведена на Ежегодном собрании малого и среднего бизнеса 2021 года, 13-17 июня 2021 года в UCR, а также запланирован семинар в Центре Лоренца где-то в 2021-22 годах.

Летняя школа фокусируется на математических многомасштабных моделях развития животных и растений, а также роста растений. Участники школы будут работать с моделями, укорененными на клеточном уровне, то есть моделями, устанавливающими связи между клеточными процессами, такими как рост и деление клеток, движение клеток и взаимодействие с внеклеточным матриксом (ЕСМ), механическая или химическая передача сигналов между клетками и т. Д., что приводит к развитию формы органов и росту в более высоких пространственных масштабах.

Аспиранты познакомятся с новейшими примерами многомасштабного моделирования в процессе разработки. Они получат практический опыт разработки математических и вычислительных моделей, а также калибровки моделей с использованием экспериментальных данных. Они также будут разрабатывать в группах простые, но новаторские примеры моделей, чтобы ответить на открытые научные вопросы, заранее предложенные докладчиками. Ожидается, что студенты уже имеют некоторый опыт моделирования, но им будет предложено работать с новым для них методом.

https://www.lorentzcenter.nl/modeling-shape-and-size-in-biological-development.html

Доктор Рассел Рокн назначен адъюнкт-профессором кафедры математики Калифорнийского университета в Риверсайде

Доктор Рассел Рокн из Города Надежды был назначен адъюнкт-профессором кафедры математики Калифорнийского университета в Риверсайде: https://www.cityofhope.org/people/rockne-russell Он является доцентом кафедры вычислительных и компьютерных технологий. Количественная медицина в Исследовательском институте Бекмана «Город надежды».Он также является директором отдела математической онкологии с целью перевода математических, физических и эволюционных исследований в клиническую практику. Это подразделение, входящее в Высшую школу биологических наук Ирелла и Манеллы и Научно-исследовательский институт Бекмана в Городе надежды, уникальным образом сочетает в себе клиническую помощь, научные исследования и математический опыт, чтобы улучшить общее понимание развития, роста, эволюции рака и реакции на него. лечение. Эта работа в конечном итоге помогает медицинскому персоналу прогнозировать, контролировать и предотвращать злокачественные новообразования как в глобальном масштабе, улучшая стандарты оказания помощи на основе фактических данных, так и на индивидуальном уровне путем персонализации лечения с использованием поддающихся количественной оценке факторов пациента и заболевания.

Центр является со-спонсором трех конференций до 2021 года

1. 9-я ежегодная конференция по системной биологии SoCal, которая состоится в UCR 1 февраля 2020 г .: https://icqmb.ucr.edu/9th-annual-s south-california-regional-systems-biology-conference

2. Симпозиум памяти Димитриоса Морикиса состоится в UCR 10 февраля 2020 г .: https://morikis-symposium.engr.ucr.edu/

3. Ежегодное собрание Общества математической биологии 2021 года, которое состоится в UCR с 13 по 17 июня 2021 года.В этом году он пройдет в Германии. https://www.smb.org/meetings/

Министерство энергетики поддержало междисциплинарный совместный проект в UCR, PNNL и ORNL

Д-р Альбер — соучредитель по только что присужденному трехлетнему (1 сентября 2019 г. — 31 декабря 2022 г.) гранту Министерства энергетики под названием «Выяснение принципов бактериально-грибкового взаимодействия» с общим бюджетом 2246000 долларов США и 556 229 долларов США. за субпремию УЦР.

Междисциплинарная команда включает:

PI: Уильям Кэннон, старший научный сотрудник Тихоокеанской северо-западной национальной лаборатории и адъюнкт-профессор, кафедра математики, Калифорнийский университет в Риверсайде

Соучредитель: Марк Альбер, заслуженный профессор, факультет математики, Калифорнийский университет в Риверсайде

Соучредитель: Дейл А. Пеллетье, старший научный сотрудник отдела биологических наук Национальной лаборатории Ок-Ридж (ORNL)

Соучредитель: Джесси Лаббе, штатный научный сотрудник, руководитель лаборатории генетики и биологии грибковых систем Отдела биологических наук Окриджской национальной лаборатории (ORNL)

Название: Выяснение принципов бактериально-грибкового взаимодействия

Abstract: По сравнению с бактериально-бактериальными взаимодействиями, о бактериально-грибковых взаимодействиях известно очень мало, хотя эти взаимодействия считаются фундаментально важными для миссий Министерства энергетики в области устойчивого развития, развития биотоплива сельскохозяйственных культур и дизайна биосистем.В биотопливных культурах многие корневые системы культур живут в мутуалистическом симбиозе с грибами и бактериями. Бактерии-помощники микоризы (MHB) увеличивают колонизацию корней хозяина микоризными грибами, которые, в свою очередь, действуют как микрокорневая система, обеспечивающая растение питательными веществами для почвы. Недавняя работа над микробиомом корней Populus определила, что взаимодействия между микоризным грибом Laccaria bicolor и бактерией Pseudomonas fluorescens являются ключевыми для пригодности растения. Эти организмы, Laccaria и P.fluorescens, являются целью этого проекта, чтобы использовать комбинированное математическое и вычислительное моделирование и эксперименты для понимания фундаментальных принципов взаимодействия между грибами и бактериями с точки зрения материального обмена и энергетики, а также того, как материал и энергия связаны между собой и внутри микробов. подсистемы.

Позиционный документ по интеграции машинного обучения и многомасштабного моделирования

Интеграция машинного обучения и многомасштабного моделирования https: // arxiv.org / abs / 1910.01258 будет обсуждаться на конференции, которая состоится в NIH, Bethesda, MD, с 24 по 25 октября:

https://www.imagwiki.nibib.nih.gov/msm-consortium/2019-ml-msm

https://www.imagwiki.nibib.nih.gov/msm-consortium/agenda

AMS в Калифорнийском университете в Риверсайде — 2019

Мы приглашаем вас принять участие в осеннем западном секционном заседании Американского математического общества (AMS), которое состоится в Калифорнийском университете в Риверсайде с 9 по 10 ноября 2019 г. (суббота — воскресенье):

http: // www.ams.org/meetings/sectional/2266_timetable.html

В частности, встреча будет включать в себя три специальные сессии по приложениям к биологии, а также специальную сессию Ассоциации женщин-математиков (AWM).

2-я ежегодная конференция по количественным подходам в биологии состоится 4-5 октября 2019 г. в Северо-Западном университете

Эта конференция — двухдневное мероприятие, которое включает в себя ряд мероприятий для стимулирования взаимного обогащения идеями, включая выступления приглашенных докладчиков, молниеносные выступления, стендовые доклады, конкурс исследований для студентов, прием и множество возможностей для установления контактов.

СПИКЕРЫ День 1 — 4 октября 2019 г.

Хана Эль-Самад, Калифорнийский университет в Сан-Франциско

Дэниел Фишер, Стэнфордский университет

Кристин Хейтч, Технологический институт Джорджии

Мадхав Мани, Северо-Западный университет

Энди Оутс, Федеральная политехническая школа Лозанны,

День 2 — 5 октября 2019 г.

Николь Кринца, Университет Вандербильта

Джеймс Ли, Иллинойсский университет в Чикаго

Шривидья Айер-Бисвас, Университет Пердью

Синь Ли и Дэйв Шихай Чжао, Университет Иллинойса в Урбане, Шампейн

Кристиан Петерсен, Северо-Западный университет

Иеремия Зартман, Университет Нотр-Дам

Зарегистрируйтесь здесь

Последний специальный выпуск Бюллетеня математической биологии включает статьи участников конференции, состоявшейся в Калифорнийском университете в Риверсайде в 2017 г.

Специальный выпуск о многомасштабном моделировании роста тканей и формы бюллетеня математической биологии, том 81, выпуск 8, август 2019: 3214-3218, doi: 10.1007 / s11538-019-00649-2 https://link.springer.com/journal/11538/81/8/page/1 Редакторы выпуска: Марк Альбер, Кристоф Годен, Филип Майни, Руланд Мерс, Эрик Мьолснесс Введение: https : //link.springer.com/article/10.1007/s11538-019-00649-2

Этот специальный выпуск состоит из вкладов участников трех семинаров аналогичной направленности, проведенных в 2016-17 годах: «Моделирование роста и формы тканей», которые проходили с 6 по 10 марта 2017 года в Институте математической биологии NSF (MBI), Колумбус. , Огайо, США, «Многомасштабное моделирование сложных систем в биологии развития и растений», состоявшееся 15 декабря 2017 г. в Междисциплинарном центре количественного моделирования в биологии Калифорнийского университета, Риверсайд, Калифорния, США, «Вычисление ткани. : Моделирование многоклеточных систем »на 15-й Европейской конференции по вычислительной биологии, проходившей с 3 по 7 сентября 2016 г. в Гааге, Нидерланды.Специальный выпуск объединяет статьи о последних достижениях в этой области с обзорными статьями, в которых подробно обсуждаются некоторые открытые проблемы. Участников попросили описать недавние результаты применения новейших математических и компьютерных моделей моделирования и экспериментальных подходов, используемых для изучения проблем морфогенеза и роста растений и животных.

Д-р Уильям Кэннон назначен адъюнкт-профессором кафедры математики Калифорнийского университета в Риверсайде

Доктор.Уильям Кэннон из Тихоокеанской северо-западной национальной лаборатории (PNNL) был назначен адъюнкт-профессором кафедры математики Калифорнийского университета в Риверсайде: https://www.pnnl.gov/science/staff/staff_info.asp?staff_num=7055

Сфера научных интересов доктора Кэннона: вычислительная биофизика, биохимия и протеомика; Моделирование и симуляция, включая детерминированное и стохастическое моделирование метаболизма; симуляции состояния; микробный метаболизм; статистика, статистическая механика и анализ данных статистической протеомики; Облачные вычисления и высокая производительность.

Доктор Кэннон является автором более 50 технических публикаций в области моделирования и моделирования, анализа данных и протеомики. Его дипломная работа была в области статистической термодинамики в лаборатории Дж. Эндрю Маккаммона, изучающей белки молекулярного распознавания с использованием методов молекулярной динамики и Монте-Карло. Его дипломная работа была в лаборатории Стивена Дж. Бенковича, где он работал как в экспериментальной, так и в вычислительной энзимологии. Перед тем, как присоединиться к PNNL, доктор Кэннон работал в Monsanto над высокопроизводительным анализом данных транскриптома и выводом сетевых данных.С момента присоединения к PNNL доктор Кэннон работал над статистическими методами интеграции протеомических данных с моделями, над использованием суперкомпьютеров для максимальной идентификации пептидов и белков с помощью высокопроизводительных масс-спектрометрических анализов, а также над моделированием и симуляцией метаболических путей. Researchgate: www.researchgate.net/profile/William_Cannon2

Сэмюэл Бриттон из UCR Math D.O.E. Стипендия для аспирантов

Аспирант математического факультета Сэмюэл Бриттон получил награду U.Стипендия Отдела науки для аспирантов (SCGSR) Министерства энергетики (DOE) для проведения исследования в рамках совместного проекта Тихоокеанской северо-западной национальной лаборатории (PNNL) под названием «Интеграция данных и многомасштабная вычислительная модель метаболизма». В этом проекте его будут совместно консультировать д-р Уильям Кэннон (PNNL) и д-р Марк Альбер (UCR).

Уведомление о награде SCGSR указывает, что: «Выбор Сэмюэля Бриттона для получения награды SCGSR является признанием выдающихся академических достижений и достоинства исследовательского предложения SCGSR и отражает потенциал Сэмюэля Бриттона в продвижении докторской степени.D. учится и вносит важный вклад в миссию Министерства энергетики Министерства энергетики США ».

Руководство биолога по математическому моделированию в экологии и эволюции

Тридцать лет назад биологи могли обойтись элементарными знаниями математики и моделирования. Не так сегодня. В поисках ответов на фундаментальные вопросы о том, как биологические системы функционируют и изменяются с течением времени, современный биолог с такой же вероятностью будет полагаться на сложные математические и компьютерные модели, как и на традиционные полевые исследования.В этой книге Сара Отто и Трой Дэй предоставляют студентам-биологам инструменты, необходимые как для интерпретации моделей, так и для построения своих собственных.

Книга начинается с элементарного уровня математического моделирования, предполагая, что читатель имеет математику в средней школе и первый год обучения исчислению. Затем Отто и Дэй постепенно углубляются и усложняются, от классических моделей экологии и эволюции до более сложных классово-структурированных и вероятностных моделей. Авторы предоставляют учебники для начинающих с поучительными упражнениями, чтобы познакомить читателей с более продвинутыми предметами линейной алгебры и теории вероятностей.На примерах они описывают, как модели использовались для понимания таких тем, как распространение ВИЧ, хаос, возрастная структура страны, видообразование и вымирание.

Экологи и биологи-эволюционисты сегодня нуждаются в достаточной математической подготовке, чтобы иметь возможность оценивать силу и пределы биологических моделей и самостоятельно разрабатывать теории и модели. Эта новаторская книга станет незаменимым путеводителем в мир математических моделей для следующего поколения биологов.

• Практическое руководство по разработке новых математических моделей в биологии


• Предоставляет пошаговые рецепты для построения и анализа моделей


• Интересные биологические приложения


• Исследует классические модели в экологии и эволюции


• Вопросы в конце каждой главы


• Учебники охватывают важные математические темы


• Упражнения с ответами


• В приложениях обобщены полезные правила


• Доступны лабораторные работы и дополнительные материалы

Награды и признание

• Почетное упоминание в номинации «Лучшая профессиональная / академическая книга 2007 года по биологическим наукам», Ассоциация американских издателей

«Мягкое, но исчерпывающее введение в математические методы, используемые в экологической и эволюционной теории.Читатели, которые. . . Закончив эту хорошо написанную книгу, вы будете готовы прочитать и понять значительную часть современной литературы ». — Дональд Л. ДеАнгелис, Quarterly Review of Biology

«Наконец-то Салли Отто и Трой Дэй оказали помощь биологам и эпидемиологам в поисках легко читаемой, практичной и исчерпывающей отправной точки для изучения математического моделирования … Мы рекомендуем эту книгу вместо более коротких текстов. помечены как «вводные».. . . Глубина и детализация, которые Отто и Дэй включили в этот текст, скорее привлекательны, чем устрашающи, а структура текста вдохновляет, а не поучительна или шаблонна ». — Санджай Басу и Элисон П. Гальвани, Siam Review

«[T] великая ценность книги Отто / Дэй в том, что она пытается педагогически обосновать и поэтому полезна для обучения. Помимо того, что она прекрасно читается, она быстро увлекает и впечатляет читателя не только предметом, но и качество печати и верстки, которые нужно увидеть, чтобы верить.Эти похвалы могут показаться чрезмерными для многих читателей этих колонок, но сначала посмотрите книгу или, еще лучше, купите том, и вы увидите нашу страсть и гнев из-за того, что мы изо всех сил хвалили этот том ».

«Я настоятельно рекомендую эту книгу для каждого факультета биологии университета, потому что она предоставляет как уникальное, а часто воодушевляющее, введение и исчерпывающий справочник по методам построения и анализа математических моделей.« —Volker Grimm, Основы и прикладная экология

«Я не могу не думать, что будущие авторы учебников захотят, чтобы Отто и Дэй были в центре внимания на рабочем столе, потому что это ценный источник материала … Эта книга выделяется, и ее вклад весьма очевиден. В общем, эта книга является ценным вкладом в литературу, и я собираюсь регулярно обращаться к ней в связи с моими преподавательскими и писательскими обязанностями ». — Стивен Г.Кранц, Журнал UMAP

«[A] отличный учебник … [M] великолепное использование рисунков, иллюстраций и упражнений … дает читателю ценную практику в построении моделей и применении соответствующих математических методов. Я, безусловно, рекомендую этот текст и могу подтвердить его полезность для начинающих исследователей биологических наук «. — Джейсон М. Грэм, Обзоры MAA

«Замечательно педагогическое введение в математическое моделирование в популяционной биологии: идеальный первый курс для биологов.»- Саймон А. Левин, Принстонский университет

«Эта книга является прекрасным учебным ресурсом для развития всестороннего понимания методов и важности биологического моделирования. Но, более того, эту книгу должен прочитать каждый студент, изучающий эволюционную биологию и экологию, чтобы они могли глубже понять фундаментальных идей и моделей, лежащих в основе этих областей »- Патрик С. Филлипс, Орегонский университет

«Математика все шире используется в биологических науках, однако в подготовке большинства биологов до сих пор, к сожалению, не хватает важнейших математических инструментов.Салли Отто и Трой Дэй сами являются двумя мастерами ловкого использования теоретических моделей для кристаллизации концептуальных представлений об экологических и эволюционных проблемах, и в этой замечательной книге они делают доступным для широкой аудитории набор основных математических инструментов, необходимых биологам для чтения литературе, а также создавать и анализировать модели самостоятельно ». — Роберт Д. Холт, Университет Флориды

«Биологи часто просят меня порекомендовать книгу по математическому моделированию, но я должен сказать им, что не существует единственной хорошей книги, которая проведет их через трудные первые этапы обучения созданию моделей.Книга Отто и Дэя восполняет этот пробел. Качество во всем высокое, стипендия хорошая, книга всеобъемлющая. Авторы оба являются первоклассными учеными. Думаю, это будет классика », — Стивен А. Франк, автор книги« «Иммунология и эволюция инфекционных заболеваний»,

«Эта книга представляет собой общее введение в математическое моделирование — в частности, моделирование популяций — в биологических науках. В прошлом году я читал 400-уровневый курс математического моделирования биологических систем, и мне пришлось сделать это без учебника. потому что не существовало адекватного текста.Книга Отто и Дэя прекрасно бы удовлетворила мои потребности. Эта книга — важное дополнение к этой области », — Карл Бергстром, Вашингтонский университет

«Эта книга имеет амбициозную и достойную цель — научить биологов достаточно моделированию и математическим методам, чтобы они могли быть как разумными потребителями моделей, так и компетентными создателями своих собственных моделей. Ее сильнейшая сторона — сосредоточение на процессе построения, а не на анализе моделей. . »- Фредерик Р. Адлер, автор книги Моделирование динамики жизни: расчеты и вероятность для ученых-биологов

Математическое моделирование в политологии и экономике: Междисциплинарные исследования Центр: Университет Рочестера

Математическое моделирование в политологии и экономике

Использование математических методов получает все большее распространение в таких областях, как политология, экономика, бизнес и психология.Кафедры Университета Рочестера внесли большой вклад во все более математические аспекты своих областей и имеют уникальные возможности для обучения студентов, которые хотят сосредоточиться на использовании математики в социальных науках.

Эта программа включает классы экономики, математики и политологии. Студенты должны получить минимальный общий средний балл 2,0 на этих курсах. Заинтересованные студенты должны подать заявление к весеннему семестру младшего года обучения.

Программой сертификации управляют три профессора:

• Джонатан Пакианатан, профессор математики, председатель комитета
• Марк Фей, профессор политологии
• Уильям Томсон, профессор экономики

Требования к сертификату

студентов должен соответствовать всем требованиям, перечисленным ниже. Никакой курс, используемый для удовлетворения этих требований, не может считаться удовлетворительным / неуспешным.

Исчисление / линейная алгебра

Одна из следующих последовательностей исчислений:

• MATH 161: Calculus IA и MATH 162: Calculus IIA
• MATH 141: Calculus I, MATH 142: Calculus II и MATH 143: Calculus III
• MATH 171: Honors Calculus I и MATH 172: Honors Calculus II

Plus MATH 165: Линейная алгебра с дифференциальными уравнениями

Статистика

Одно из следующих:

• ECON 230: Экономическая статистика
• PSCI 200: Применяется Анализ данных
• MATH 203: математическая статистика
• STT 213: элементы вероятностной и математической статистики

Моделирование рационального поведения

Выберите один из следующих вариантов:

• MATH 217: Математическое моделирование в политологии
• PSCI / EC 288: Введение в теорию игр
• ECON 207: Микроэкономика

Приложения для социальных наук

Чтобы сертификат был действительно междисциплинарные, студенты нуждаются в прочной основе как в инструментах для анализа, так и в их применении.По этой причине студенты дополнительно выберут трех утвержденных классов политологии и экономики, по крайней мере, по одному от каждого факультета.

Дополнительный курс математики (или социальных наук)

Студенты, выбравшие MATH 203 (для статистики) и MATH 217 (для моделирования), должны пройти дополнительный прикладной курс социальных наук, а не дополнительный курс математики. Все остальные студенты пройдут дополнительный курс математики, выбранный из утвержденного списка.

Утвержденные курсы по общественным наукам и математике

• MATH 164: Многопараметрическое исчисление
• MATH 201: Введение в вероятность
• MATH 202: Введение в случайные процессы
• MATH 203: Математическая статистика
• MATH 208: Методы исследования операций
• MATH 210: Финансовая математика
• MATH 217: Математическое моделирование в политической науке
• MATH 235: Линейная алгебра
• MATH 240: Введение в топологию
• MATH 265: Функции действительной переменной
• ECON 207: Microeconomics
ECON 209: Макроэкономика
• ECON 220: Справедливое распределение
• ECON 231: Эконометрика
• ECON 256: Теория игр и социальный выбор / Темы теории игр
• ECON 273: Экономический рост и развитие
• ECON 274: Mathematical Economics
282: Введение в позитивную политическую теорию
• ECON 288: Введение в G ame Theory
• PSCI 203: Методы исследования
• PSCI 272: Теории международных отношений
• PSCI 280: Политическая подотчетность
• PSCI 281: Формальные модели в политической науке
• PSCI 288: Теория игр
• PSCI 404 Вывод
• PSCI 405: линейные модели
• PSCI 407: математическое моделирование
• PSCI 408: позитивная политическая теория

Введение в количественное моделирование в биологии

* Обучение онлайн летом 2021 года * Хотя математика и биология традиционно не ладили друг с другом, недавние достижения в области молекулярной биологии и медицины сделали биологические эксперименты по существу количественными.Этот курс знакомит с математическими идеями, которые полезны для понимания и анализа биологических данных, включая описание и подгонку данных, проверку гипотез и байесовское мышление, модели Маркова и дифференциальные уравнения. Студенты приобретают практический опыт работы с данными и вычислительной реализации математических моделей с использованием языка программирования R. Две основные цели — это овладение вычислительными навыками и концептуальное знакомство с математическими моделями, используемыми в биологических исследованиях.

Обзор курса

Обязательным условием является прохождение Calculus AB.

Обзор курса

Текущий класс / уровень образования

11 класс

12 класс

Бакалавриат / Выпускник

Программа

Студенческие курсы

Летний колледж

Сведения о классе

Начальный инструктор

Кондрашов Дмитрий

Академический интерес

Биологические науки

Математика и информатика

Особенности класса

Код курса

BIOS 20151 91

Класс (дней)

Пн Вт Мы б Чт Пт

Продолжительность занятий (CST)

13:30